比较基因组分析是基因组测序研究的常规分析方法之一，即获得物种基因组序列图谱后，通过和其他物种基因组进行比较，找到共有基因和差异基因，推测物种之间的进化关系，鉴定与生物学特征相关的基因或基因家族等。比较基因组分析是全基因组测序研究的重要组成部分，在完成组装和注释后，通过全基因组比对、基因家族聚类、系统进化树构建等方法，挖掘物种的特有基因，探究特有基因与特殊生物学性状的关系；推断物种进化地位，追溯物种乃至整个分支的基因组进化历史等。为后续研究（如物种个性化分析）奠定了一定基础，同时也是物种基因组研究的重点。

测序策略	参数	用途
二代测序	100×illumina	基因组Survey
三代测序	30×Pacbio HiFi	构建基因组contig
Hi-C	＞100×	辅助组装

1.数据质量评估
2.基因家族分析	2.1基因家族聚类分析
	2.2扩张与收缩分析
3.系统进化分析	3.1系统发育树构建
	3.2物种分歧时间估算
4.正选择
5.全基因组复制分析