全基因组甲基化测序（WGBS,Whole-genome bisulfite sequencing）是一种被广泛研究的表观遗传修饰方式，结合了亚硫酸氢盐转化方法与新一代高通量测序技术，与组蛋白修饰等方式一起，可在单碱基分辨率水平上检测全基因组DNA甲基化状态，在调控基因表达和染色质构象等方面发挥了重要作用。

用重亚硫酸盐（Bisulfite）处理，将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，通过接头序列介导的PCR技术将U转变为T，与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来，再结合高通量测序技术与参考序列比对，进而判断CpG/CHG/CHH 位点是否发生甲基化。