泛基因组包括核心基因组（Core genome）和非必须基因组(Dispensable genome)。其中，核心基因组由所有样本中都存在的序列组成，一般与物种生物学功能和主要表型特征相关，反映了物种的稳定性；非必须基因组由仅在单个样本或部分样本中存在的序列组成，一般与物种对特定环境的适应性或特有的生物学特征相关，反映了物种的特性。

运用高通量测序及生物信息分析手段，针对不同个体/亚种/世系材料进行文库构建及深度测序，并分别进行组装，可以构建泛基因组图谱，丰富该物种的遗传信息，研究其重要生物学问题。