(1) Hi-C无需遗传图谱中的作图群体，单一个体就能实现染色体定位；

(2) 相比遗传图谱，染色质之间的交互频率具有更高的标记密度序列定位更完整；

(3) HI-C组装至Chromosome水平，优于Bionano的scaffold水平；

(4) 通过Scaffold间的交互频率大小，可以对已组装的基因组序列进行纠错；

辅助基因组组装

Hi-C技术可以辅助基因组组装，尤其在一些复杂有难度的基因组上，可以改善现有的基因组发现新的功能基因，可以辅助单倍型基因组组装并已应用于多倍体上。

染色质结构变异检测

结合基因组及表观功能组学研究技术，对细胞核内的三维空间结构与基因功能和结构变异间的关系进行研究,了解物种或疾病远距离互作和结构变异形成的空间基础与调控机制，实现对物种基因组的遗传机制和生物功能的深入挖掘。

多组学联合分析

多组学联合分析一般是多样本，联合其他组学（ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq）分析染色质三维结构变化下表观修饰和基因表达的改变。这个应用思路可以做物种进化分析、突变体分析、环境胁迫分析等，用于发现这些差异带来的转录调控变化机制。